Việc tích hợp các hệ thống cần được lập kế hoạch và triển khai theo một cách có cấu trúc. Nhiều tổ chức, doanh nghiệp hiện nay đang áp dụng các hệ thống quản lý là do bởi sức ép từ bên ngoài như yêu cầu của khách hàng, để có chứng chỉ tham gia đấu thầu… chứ không thật sự xuất phát từ nhu cầu thiết thân, coi hệ thống quản lý là công cụ mang lại lợi ích lâu dài cho mình. Bởi vậy việc đầu tiên cần làm là xác định rõ nhu cầu của mình, tiến hành phân tích các yêu cầu một cách chi tiết và xem xét xem các yêu cầu đó đã được tích hợp trong hệ thống quản lý như thế nào.

Các yêu cầu cơ bản được phân nhóm thành các nội dung sau:
- Chính sách;
- Lập kế hoạch;
- Thực hiện và điều hành;
- Đánh giá kết quả;
- Cải tiến;
- Xem xét của lãnh đạo
Mỗi một hệ thống quản lý đơn lẻ đều có những yêu cầu riêng cụ thể của mình nhưng 6 yếu tố trên luôn có trong các yêu cầu của các hệ thống đơn lẻ đó và có thể được triển khai áp dụng như nền tảng của sự tích hợp.
Lưu ý khi áp dụng PAS 99:2006
Các tổ chức, doanh nghiệp áp dụng PAS 99:2006 cần tuân thủ các yêu cầu của các tiêu chuẩn quản lý cụ thể mà họ cần áp dụng như ISO 9001, ISO 14001, ISO/IEC 27001, ISO 22000, ISO/IEC 20000 and OHSAS 18001. PAS99:2006 là tiêu chuẩn giúp các tổ chức, doanh nghiệp hợp nhất các hệ thống quản lý thành một Hệ thống quản lý tích hợp có ưu điểm giảm thiểu sự mâu thuẫn, trùng lắp; tiết kiệm thời gian, chi phí; nâng cao khả năng kiểm soát rủi ro... hơn là những hệ thống được áp dụng riêng lẻ. Mang lại nhiều lợi ích là thế nhưng PAS 99 chưa được nhiều doanh nghiệp áp dụng, đơn giản vì họ vẫn có thể cố gắng duy trì 2,3 hệ thống quản lý song song hoặc các doanh nghiệp áp dụng chưa đủ dài để nhận ra sự bất lợi của việc duy trì song song. Việc áp dụng Pas 99 là một giải pháp tốt các tổ chức loại bỏ những bất cập, đạt được nhiều lợi ích hơn từ việc hợp nhất các yêu cầu chung của các tiêu chuẩn và triển khai, kiểm soát chúng một cách hiệu quả.
Tuân thủ với PAS 99:2006 không có nghĩa là không phải tuân thủ theo các yêu cầu pháp qui.
Việc tuân thủ với PAS 99:2006 không đảm bảo việc tuân thủ với các tiêu chuẩn hệ thống quản lý khác. Do vậy khi thực hiện xây dựng PAS 99 chúng ta cần phải tuân thủ từng yêu cầu riêng lẻ của các tiêu chuẩn trong PAS 99 như vậy mới đảm bảo được tính phù hợp với từng yêu cầu tiêu chuẩn và đáp ứng được yêu cầu của tổ chức đánh giá.
Đối với mỗi doanh nghiệp mong muốn xây dựng PAS 99 thì trong quá trình đánh giá và triển khai ta cũng phải lưu ý đến vậy nên xây dựng hệ thống nào trước để mang lại hiệu quả tốt nhất cho doanh nghiệp? và khi tích hợp các hệ thống cần phải xây dựng thống nhất các yêu cầu chung của các hệ thống tiêu chuẩn này nếu trong các tiêu chuẩn yêu cầu giống nhau. Đồng thời hoạt động đào tạo phải giải thích rõ ràng sự khác nhau giữa các điều khoản của các tiêu chuẩn nhằm tránh gây nhầm lẫn điều khoản của tiêu chuẩn này sang điều khoản của tiêu chuẩn khác.